Enligt historieforskarna kom de första människorna till det område där Prag finns idag cirka 500 år före Kristus. Under 900- och 1000-talet växte Prag i både befolkning och storlek. Staden blev även en väldigt betydelsefull stad, och under lång tid var det en av de viktigaste handelsstäderna i Europa.
Under 1400-talet växte Prag ännu mer. Kung Charles IV som hade makten under den perioden grundade den nya staden och byggde även Karlsbron som idag är en populär sevärdhet. En hel del vackra kyrkor byggdes också i Prag, och anledningen var att Kungen ville att Prag skulle bli den vackraste staden i Europa och även den mest ledande inom både kultur och handel.
När kung Charles IV dog tog hans som Wenceslas IV över makten vilket gjorde att mycket förändrades i Prag. Jan Hus gjorde under samman period uppror mot Kristendomen vilket ledde till att han blev avrättad men hans idéer levde kvar. Fyra år senare gjorde folket uppror och bara sexton dagar senare god Wenceslas och hans lillebror Sigismund fick istället ta över makten. Folket i Prag motsatte sig däremot att Sigismund skulle ta över makten och Sigismund fick istället lämna Prag. Han kom dock tillbaka, tillsammans med 30 000 korsfarare med planer om att återta kronan.
Sigismunds armé blev däremot besegrad av Hussiterna i slaget om Vitkov bergen. När Hussiternas ledare dog blev de radikala till slut besegrade och Sigismund kunde återigen ta över tronen i Prag.
Därefter utbröt det 30-åriga kriget.